2013年9月23日，经同济大学人事安排小组会议研究，同济大学新农村发展研究院正式成立。10月28日，同济大学发文通知，新农村发展研究院为直属单位，现代农业科学与工程研究院划归同济大学新农村发展研究院。

 

　　2013年12月19日，科技部和教育部为深入贯彻落实2013年中央1号文件提出的“支持高等学校、职业院校、科研院所通过建设新农村发展研究院、农业综合服务示范基地等方式，面向农村开展农业技术推广”精神，审批同济大学新农村发展研究院正式成立。

 

　　科技部和教育部要求以《新农村发展研究院建设工作规程》为指导，完善新农村发展研究院建设方案，落实建设条件和配套支持，推动高等学校的体制机制改革与创新，建设计划完成后，将接收科技部和教育部验收。