同济大学早在1997年就组成多学科团队整体进入设施农业领域。2000年，成立了同济大学现代农业科学与工程研究院（以下简称“现代农业院”）。2013年科技部教育部同意同济大学成立新农村发展研究院（以下简称“新农院”），旨在充分发挥同济大学工科多学科综合性大学的优势，整合学校农业工程、环境、建筑、规划、能源、自动控制、计算机、机械、材料、应用化学、生命、经济与管理等学科资源，探索农科教相结合的综合服务模式，打造具有同济特色的非农综合性大学服务“三农”新模式，科技助农，为全面实现乡村振兴做贡献。

新农院拥有国家设施农业工程技术研究中心、上海市设施农业工程技术研究中心、农业农村部农村厕所与污水治理技术重点实验室等国家级与省部级科技研发平台。已建设同济大学生态园、崇明智慧农场示范基地、乡村人居环境研究中心等校内外交叉学科平台。

新农院聚焦“乡村振兴与科技助农”，形成新农科鲜明特色，突显多学科协同的优势，重点打造四个研究方向：（1）设施农业与智慧农业（曾获国家科技进步二等奖，教育部科技进步一等奖）；（2）农村环境及污染控制（曾获国家技术发明二等奖、上海市技术发明一等奖）；（3）农村新能源及生物质能源（在崇明开展的农业废弃物沼气处理项目被农业部命名为崇明模式）；（4）农村生态与景观规划（曾获2015年意大利米兰世博会最佳研究机构奖）。2021年，同济大学入选全国乡村振兴人才培养优质校。